Le gouvernement a fixé de nouvelles règles concernant les arrêts de travail des agents publics, une réforme qui modifie durablement la gestion des congés maladie et renforce les contrôles. Les annonces portent sur la durée maximale des arrêts, les modalités de renouvellement, ainsi que des garanties spécifiques pour les agents en attente d’une décision de long congé. Ces changements entreront en vigueur à compter du 1er septembre 2026 et touchent directement les fonctionnaires de l’État, leurs employeurs et les autorités médicales.
Quels plafonds s’appliqueront aux arrêts de travail?
La principale nouveauté impose une durée limitée pour les arrêts prescrits à la suite d’un accident ou d’une maladie. Lors d’une première prescription, la suspension de service ne pourra dépasser 31 jours, et une prolongation éventuelle sera limitée à 62 jours au total lorsque l’arrêt est renouvelé.
La mesure a été formalisée par un décret publié au Journal Officiel le 31 juillet. Elle vise à harmoniser le statut des agents publics avec certaines dispositions adoptées par la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 en direction du secteur privé.
Comment l’administration pourra-t-elle vérifier les arrêts maladie?
Contrôle de présence au domicile
L’employeur pourra demander une vérification de la présence à domicile si le certificat médical impose cette obligation. Des contrôles ciblés permettront de confirmer que l’agent respecte les prescriptions liées à son arrêt.
Ce dispositif renforce le suivi des situations sensibles tout en respectant le cadre légal. Les modalités pratiques seront précisées pour éviter des dérives et garantir la sécurité juridique des contrôles.
Contrôles médicaux par l’employeur
À partir de la date d’entrée en vigueur, les administrations, collectivités et établissements hospitaliers pourront solliciter des contre-visites. Ces contrôles viseront à vérifier la réalité de l’incapacité et la conformité des prescriptions au regard de l’exercice du service public.
Passage au formulaire Cerfa sécurisé
Les avis d’arrêt au format papier devront désormais être remplis via un formulaire Cerfa sécurisé, comme dans le privé. Cette exigence répond à la multiplication des faux certificats depuis la crise sanitaire et facilite le contrôle administratif.
Que devient la rémunération lors d’un renouvellement d’arrêt?
Lorsque l’arrêt est prolongé, la rémunération de l’agent restera maintenue uniquement si le prolongement est signé par le même professionnel de santé qui a émis l’arrêt initial. Cette règle vise à limiter les ruptures de suivi médical et les changements fréquents de prescripteur.
Si un autre médecin prolonge l’arrêt sans lien avec le prescripteur initial, des vérifications supplémentaires pourront être engagées par l’employeur. Les agents sont encouragés à conserver un suivi médical cohérent pour éviter toute difficulté administrative.
Quels droits pour suivre une formation pendant un congé maladie?
Un agent qui souhaite entamer ou poursuivre une formation pendant un congé maladie devra obtenir un avis favorable du médecin agréé avant toute inscription. Cette obligation protège l’équilibre entre reprise d’activités formatives et exigences médicales liées à l’état de santé.
Le dispositif vise aussi à prévenir les situations où la formation contredirait les prescriptions d’arrêt. L’avis médical devient ainsi un préalable incontournable pour toute démarche de formation durant l’arrêt.
Qui peut prétendre à l’indemnité d’attente et comment fonctionne-t-elle?
Agents concernés
L’indemnité d’attente concerne uniquement les agents de la fonction publique d’État mis en fin de droits pour leur congé de maladie ordinaire. Les personnels territoriaux et hospitaliers ne sont pas visés par cette disposition.
Durée et conditions de versement
Le versement intervient pendant la période d’attente entre la fin du congé maladie ordinaire et la décision administrative relative au placement en congé de longue maladie ou de longue durée. L’indemnité est versée jusqu’à la décision de reprise ou jusqu’au placement en CLM ou CLD.
Le congé de longue maladie peut atteindre trois ans au maximum tandis que le congé de longue durée peut aller jusqu’à cinq ans. Ces durées déterminent l’horizon d’indemnisation une fois la décision prise.
Quelles différences persistent avec le régime des salariés du privé?
La réforme rapproche plusieurs règles du statut public de celles du secteur privé, notamment en matière de plafonds et de formulaire Cerfa sécurisé. Toutefois, certaines spécificités subsistent, en particulier pour les mécanismes d’indemnisation et les publics concernés.
La loi de financement de la Sécurité sociale a servi de référence pour cet alignement, mais l’application administrative reste distincte selon le type de fonction publique. Vous devrez vérifier les circulaires territoriales et les accords internes pour connaître les modalités locales.
Récapitulatif des dates et obligations clés
Voici les principaux points à garder en mémoire pour s’adapter à la nouvelle réglementation et informer correctement vos équipes.
- 1er septembre 2026 : date d’entrée en vigueur des nouvelles règles.
- 31 jours : durée maximale de l’arrêt à la première prescription.
- 62 jours : durée maximale en cas de prolongation.
- Formulaire Cerfa sécurisé requis pour les avis d’arrêt papier.
Les services RH et les encadrants devront actualiser leurs procédures internes pour intégrer ces changements. Une communication claire auprès des agents permettra de limiter les incompréhensions et d’assurer un suivi conforme aux nouvelles règles.
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Benjamin Lambert est spécialisé dans l’analyse des marchés financiers et la gestion d’actifs. Avec plus de 12 ans d’expérience, il apporte des analyses claires sur les tendances boursières, les investissements durables et les stratégies fiscales. Sur FAIRE, Pierre décrypte l’actualité économique pour mieux vous guider dans vos choix financiers.